日本警视厅特殊部队（SIT）小队长濑文焚流（加濑亮 饰），在一次执行任务时遭遇队友的离奇死亡，面对高层他百口莫辩，最终被调职到公AN部公AN第五课——不明事件调查科。该部门专门调查一些匪夷所思的超自然案件，当然在所谓“科学昌明”的现代化社会，这也意味着第五课是一个很难得到认可的边缘部门。除濑文外，第五课只有油滑的上司野野村光太郎和智商高达201的怪女孩当麻纱绫（户田惠梨香 饰）。在此期间，预言师、神之手等各种各样拥有超能力（SPEC）的人物接连登场。濑文在和当麻办案的过程中，渐渐趋近了一个鲜为人知且充满阴谋和秘密的未知世界……在大家轻松而激动的注视下，监视器显示的大厅里，那五只怪鸟已经无力地停下了攻击，一个个摇摇晃晃，翅膀都合不拢了，眼看再有几分钟就会窒息而死，突然，就在驾驶室里的章女士等人想要欢呼的时候，通往驾驶室的那条通道舱门突然蓬地一声，被冲进了大厅里面。
